Đức Đạt Lai Lạt Ma XIII, Thupten Gyatso, sinh năm cầm tinh con Chuột lửa 1876 trong một gia đình nông dân sinh sống tại làng Langdun thuộc vùng Dagpo, nằm ở miền trung Thakpo của Tây Tạng, cha Ngài là Kunga Rinchen và mẹ Ngài là Lobsang Dolma.
Năm 1877, Ngài được công nhận là hóa thân của Đức Đạt Lai Lạt Ma thứ 12 từ lời tiên tri của vị Thần Hộ Pháp Nechung của Tây Tạng và từ các dấu hiệu tốt lành khác tại nơi Ngài được sinh ra. Sau đó Ngài được hộ tống đến Lhasa. Năm 1878, Vị Ban Thiền Lạt Ma VIII, Tenpai Wangchuk, thực hiện nghi lễ xuống tóc cho Ngài và ban cho Ngài Pháp danh là Ngawang Lobsang Thupten Gyatso Jigdral Chokley Namgyal. Năm 1879, Ngài đã đăng quang tại Đại Lễ Đường trong cung điện Potala. Cuối năm đó, Ngài đã thọ giới Ưu-Bà-Tắc sĩ từ quan nhiếp chính Tatsak Rinpoche, Ngawang Palden Yeshi. Năm 1882, lúc sáu tuổi, Đức Đạt Lai Lạt Ma XIII được chính thức thọ giới Sa di cũng từ vị Nhiếp chính này.