Đức Đạt Lai Lạt Ma II – Gedun Gyatso sinh năm 1475 trong một gia đình làm nghề nông ở làng Tanag Sekme, gần Shigatse ở vùng Tsang thuộc miền trung Tây Tạng, cha Ngài tên là Kunga Gyaltso và mẹ Ngài tên là Machik Kunga Pemo.
Cha Ngài là một hành giả Mật tông nổi tiếng thuộc phái Nyingmapa. Có một sự việc được lưu truyền rằng khi Gedun Gyatso đến tuổi biết nói, Ngài đã bảo với cha mẹ rằng tên mình là Pema Dorjee, chính là tên khai sinh của Đức Đạt Lai Lạt Ma đời thứ I, và Ngài muốn đến sống tại tu viện Tashi Lhunpo. Trong giai đoạn Ngài mới được thụ thai trong bụng mẹ, cha Ngài đã từng thấy trong một giấc mơ có một người mặc áo trắng xuất hiện và nói với ông hãy đặt tên cho con trai của mình là Gendun Drupa và cũng nói rằng con trai ông sẽ là người có khả năng nhớ lại cuộc sống quá khứ của mình. Tuy vậy, cha Ngài lại đặt tên cho Ngài là Sangye Phel.