Đức Đạt Lai Lạt Ma IV, Yonten Gyatso, sinh năm 1589 tại Mông Cổ, cha Ngài tên là Tsultrim Choeje, là thủ lĩnh của bộ lạc Chokar và là cháu trai hậu duệ của vua Altan Khan, và mẹ Ngài là PhaKhen Nula, người vợ thứ hai của ông.
Từ những lời tiên tri của các vị hộ pháp và với các dấu hiệu tốt lành vào thời điểm khi Ngài được sinh ra, vị trụ trì của tu viện Gaden đã công nhận Ngài là hóa thân thực sự của Đức Đạt Lai Lạt Ma III và đặt tên cho Ngài là Yonten Gyatso. Vì cha mẹ của Ngài từ chối cùng rời đi với Ngài cho đến khi Ngài đủ khôn lớn nên Ngài đã được các vị Thầy Tây Tạng dạy dỗ học thuật căn bản tại Mông Cổ.